要保留最新的目录并删除其余的旧目录，可以使用以下步骤：

1. 首先，找到最新的目录。根据你的目录结构，"checkpoint"后面跟随着数字，这些数字可以用来识别迄今为止最新的目录。

2. 使用Linux命令来识别并删除旧目录。

bash
# 进入包含 checkpoint 目录的路径
cd /app/saves/Qwen2.5-1.5B-Instruct/full/train_2024-11-06-10-03-45

# 找到最新的 checkpoint 目录
latest_checkpoint=$(ls -d checkpoint-* | sort -V | tail -n 1)

# 输出最新的目录，确认无误
echo "最新的检查点: $latest_checkpoint"

# 删除除了最新的检查点之外的所有目录
for dir in checkpoint-*; do
  if [ "$dir" != "$latest_checkpoint" ]; then
    rm -rf "$dir"
  fi
done

上面的脚本使用 ls 和 sort 获取经过版本排序的所有检查点目录列表，然后用 tail -n 1 找到最新的目录。接着，它遍历所有的检查点目录，保留最新的一个，删除其他的。

请确保您在执行删除操作时非常小心，以避免数据丢失。